En tant que scène conventionnée, le Théâtre d’Auxerre développe une programmation pluridisciplinaire, avec notamment des spectacles de théâtre, danse, cirque et musique, en variant entre répertoire classique et contemporain. La venue des artistes médiatisés fait partie intégrante de la saison artistique. La programmation compte une quarantaine de spectacles et environ 90 représentations par saison. Le théâtre apporte son soutien à la création en accueillant des artistes en résidence. Le développement des publics est un axe fort du projet artistique et culturel.